Polisen William Franzén dras in i mordutredningen, men kanske inte riktigt på de villkor han själv skulle önskat. För när ytterligare ett mord begås pekar plötsligt bevisen mot William. Hans tidigare partner Julia Wikman som långsamt har återhämtat sig från en skottskada beslutar sig för att hjälpa honom rentvå sitt namn. De måste till varje pris hitta mördaren men mot sig har de inte bara hela Stockholms poliskår utan även en nynazistisk organisation som utan tvekan dödar alla som står i dess väg. Allt medan snön vräker ner och kylan i Stockholm slår rekord.

I skuggan av de döda, fristående uppföljare till Ut kom vargarna (2009), skildrar naket poliserna Julia och William i ett högaktuellt Sverige. Det här är hårdare, tuffare och mörkare än någonsin och med en tät jakt efter en mördare.