Ahelia, Ilian och Timotheos befinner sig med sina föräldrar i Peru där de besöker sina kusiner Amaya och Amanda. Det som skulle ha blivit en lugn och intressant resa blir ganska snart ett intensivt kidnappningsdrama som barnen och deras familjer ofrivilligt blir indragna i. När polisen inte vill hjälpa till får barnen ta saken i egna händer. De upptäcker då en 500 år gammal hemlighet som någon verkar göra allt för att den inte ska komma ut…. Deckarkusinerna och Missionärens hemlighet är den andra boken i den spännande barnboksserien om de fem kusinerna och berör bland annat erövringen av Sydamerika.